Meddržavna pogodba določa, da imenovane strokovne organizacije iz Republike Slovenije in Republike Hrvaške najmanj vsakih 5 let pripravijo Program razgradnje NEK in Program odlaganja radioaktivnih odpadkov in izrabljenega goriva iz NEK.

Skladno z določbo meddržavne pogodbe je bila v letu 2004 izdelana in leta 2005 na 7. seji meddržavne komisije za spremljanje izvajanja meddržavne pogodbe potrjena prva revizija Programa razgradnje NEK in odlaganja NSRAO in IJG (DP Rev.1). Z DP Rev.1, ki je bil izdelan kot samostojen dokument, ki je združil oba programa, sta se seznanila Vlada Republike Slovenije s sklepom št. 311-01/2001-21 in Parlament Republike Hrvaške (Narodne novine, št. 175/04), ki je dal predhodno soglasje k sprejetju. 

Na podlagi prve revizije Program razgradnje NEK in odlaganja NSRAO in IJG, ki je določil višino prispevka za razgradnjo NEK ter odlaganje RAO in IG, od aprila 2005 ELES GEN, d. o. o. (od julija 2006 pa GEN energija, d. o. o.), vplačuje v Sklad  za financiranje razgradnje NEK in odlaganje radioaktivnih odpadkov iz NEK prispevek v višini 0,003 EUR/kWh električne energije, proizvedene v NEK in prodane v Sloveniji.

Na Hrvaškem je bila 1. januarja 2023 sprejeta Uredba o višini, roku in načinu izplačila sredstev za financiranje razgradnje in odlaganja radioaktivnih odpadkov in izrabljenega jedrskega goriva Nuklearne elektrarne Krško (” Uradni list«, št. 156 /22). Nova Uredba določa, da je Hrvatska elektroprivreda d.d. dolžna plačati znesek 9.760.000,00 EUR na račun Sklada vsako četrtletje v višini 2,44 mio EUR. Nov pripsevek je bil določen v skladu s Tretjo revizijo Programa razgradnje Nuklearne elektrarne Krško in Programom odlaganja radioaktivnih odpadkov in izrabljenega jedrskega goriva, potrjenim na seji Meddržavne komisije 14. julija 2020.

Priprava druge revizije Programa razgradnje NEK in odlaganja NSRAO in IG iz NEK se je začela po 8. seji meddržavne komisije leta 2008, ki je mandat za pripravo dokumenta podelila strokovnima organizacijama ARAO iz Slovenije in Agenciji za posebni odpad (APO) iz Hrvaške. Dokument je bil izdelan v prvi različici v mesecu juniju 2010 in nato v drugi različici v mesecu februarju 2011. Teh dokumentov meddržavna komisija ni obravnavala niti ju ni potrdila.

Meddržavna komisija se je ponovno sestala julija 2015 in se seznanila s statusom izdelave druge revizije Programa razgradnje NEK in odlaganja NSRAO in IG iz NEK. Na tej seji je meddržavna komisija odločila, da se ustavijo vse dejavnosti za pripravo tega dokumenta, da pa se takoj prične z dejavnostmi za izdelavo tretje revizije Programa razgradnje NEK in Programa odlaganja NSRAO in IG iz NEK. Meddržavna komisija je zadolžila strokovne organizacije iz 10. člena meddržavne pogodbe, da skupaj z Nuklearno elektrarno Krško pripravijo predlog projektne naloge za izdelavo revizije Programa odlaganja radioaktivnih odpadkov in izrabljenega jedrskega goriva. Prav tako se zadolžijo strokovne organizacije iz 10. člena meddržavne pogodbe, da skupaj z NEK pripravijo predlog projektne naloge za izdelavo revizije Programa razgradnje NEK. Na podlagi sklepa meddržavne komisije sta pogodbenici vsaka svoji strokovni organizaciji (ARAO iz Republike Slovenije in Fond NEK) pooblastila za pripravo obeh programov v skladu z meddržavno pogodbo.

Meddržavna komisija je na svoji seji novembra 2017 sprejela obe projektni nalogi in naložila ARAO in Fond NEK, da v sodelovanju z NEK izdelata tretjo revizijo Programa odlaganja radioaktivnih odpadkov in izrabljenega goriva iz NEK. Hkrati pa je meddržavna komisija naložila NEK, da v sodelovanju z ARAO in Fond NEK izdela tretjo revizijo Programa razgradnje NEK.

Meddržavna komisija se je nato s tretjo revizijo obeh programov in njenim povzetkom seznanila na svoji 13. seji septembra 2019 in odločila, da se oba programa posreduje v nadaljnje postopke sprejemanja v RS in RH. S povzetkom tretje revizije Programa razgradnje NEK in Programa odlaganja RAO in IG iz NEK se je Vlada Republike Slovenije seznanila na seji decembra 2019 ter januarja 2020 še Vlada Republike Hrvaške. Hrvaški sabor se je z dokumenti tretje revizije seznanil februarja 2020. Skladno z določili meddržavne pogodbe BHRNEK je meddržavna komisija za spremljanje izvajanja pogodbe, na svoji 14. seji julija 2020, potrdila tretjo revizijo Programa razgradnje NEK in Programa odlaganja RAO in IG iz NEK.

Na podlagi tretje revizije Programa razgradnje NEK in tretje revizije Programa odlaganja RAO in IG iz NEK je Vlada RS ugotovila, da trenutna vplačila v Sklad NEK ne bodo zadostovala za pokrivanje stroškov vseh dejavnosti, ki jih predvidevata oba programa, zato je dne 16. 7. 2020 s sklepom št. 360-51/2020/5, družbi GEN energija, d. o. o., naložila, da s 1. 8. 2020 prične vplačevati v Sklad NEK znesek v višini 4,8 EUR za vsako prevzeto MWh električne energije proizvedene v Nuklearni elektrarni Krško (iz prejšnje vrednosti 3 EUR/MWh na 4,8 EUR/MWh).

V skladu s sklepom Vlade Republike Slovenije št. 306-106/2021/5 iz januarja 2022, GEN energija, d.o.o., s 1. 1. 2022 vplačuje v Sklad za financiranje razgradnje Nuklearne elektrarne Krško in odlaganja radioaktivnih odpadkov iz Nuklearne elektrarne Krško znesek v višini 12,0 EUR/MWh.